Pierwszym zadaniem w szkole duchowości św. Siostry Faustyny jest poznawanie Boga w tajemnicy Jego miłosierdzia. Apostołka Miłosierdzia Bożego czyniła to najpierw przez bardzo zwyczajne środki, takie jak: rozważanie słowa Bożego, czytanie duchowne, słuchanie konferencji, rozważanie tajemnic różańcowych i stacji drogi krzyżowej, korzystanie z dni skupienia i rekolekcji, głębokie przeżywanie sakramentów świętych czy uroczystości kościelnych w roku liturgicznym. Poznawała tajemnicę miłosierdzia Bożego nie tylko w oparciu o teksty Pisma Świętego, Liturgii Kościoła…, ale także starała się dostrzegać przejawy miłości Boga we własnym życiu. W codziennym rachunku sumienia pytała: co dzisiaj dla mnie uczynił Bóg? Takie poznawanie tajemnicy miłosierdzia Bożego sprawiało, że miłość Boga była dla niej nie tylko prawdą piękną, ale abstrakcyjną, lecz stawała się rzeczywistością obecną w jej życiu, przybierała konkretne kształty w codzienności. Tak czyniąc, Siostra Faustyna zobaczyła, że całe jej życie zanurzone jest w miłosierdziu Bożym. W nim kąpie się dusza moja codziennie – pisała – nie znam momentu w swym życiu, w którym bym nie doznawała miłosierdzia Twego (Dz. 697). Jest ono jak złota nić, przeprowadzona przez całe nasze życie, która utrzymuje kontakt naszego jestestwa z Bogiem we wszelkim porządku (Dz. 1466). Doskonale zdawała sobie sprawę z tego, że poznawanie tajemnicy miłosierdzia Bożego dokonuje się nie tylko dzięki własnym wysiłkom, ale że praca ludzkiego rozumu musi być wzmacniana łaską Bożą. Dlatego modliła się: O Jezu mój, daj mi mądrość, daj mi rozum wielki i oświecony Twym światłem, na to jedynie, abym Ciebie, o Panie, lepiej poznała, bo im Cię lepiej poznam, tym Cię goręcej ukocham (Dz. 1030; por. Dz. 1474).
Siostra Faustyna dostrzegała również, że Boga można poznawać nie tylko poprzez intelekt, ale także poprzez praktykę miłości. Poznałam i doświadczyłam – stwierdziła w „Dzienniczku” – że dusze, które żyją w miłości, odznaczają się wielkim światłem w poznawaniu rzeczy Bożych, jak we własnej duszy, tak i w duszach innych. I dusze proste, nie mające wykształcenia, odznaczają się wiedzą (Dz. 1191).
Takie poznawanie Boga w życiu Siostry Faustyny zostało wzmocnione darem kontemplacji wlanej, dzięki czemu bardzo głęboko wniknęła w tę tajemnicę naszej wiary, by ją dać poznać światu. Dzięki jej zapiskom pozostawionym w „Dzienniczku” możemy lepiej poznawać Boga w tajemnicy Jego miłości miłosiernej do człowieka.
Do poznania tajemnicy miłosierdzia Bożego uzdalnia dar Ducha Świętego udzielany na chrzcie świętym, którym jest nadprzyrodzona cnota wiary. Dzięki niej człowiek może poznawać prawdy objawione, a wśród nich miłosierną miłość Boga do człowieka. Konstytucje Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia zalecały, aby siostry często rozważały: co Bóg uczynił dla zbawienia dusz przy stwarzaniu, co uczynił i ucierpiał w odkupieniu i co im gotuje w chwale wiecznej. Wierna tej regule zakonnej Siostra Faustyna rozmyślała i poznawała tajemnicę miłosierdzia Bożego poczynając od dzieła stworzenia, przez dzieło odkupienia, a kończąc na przeznaczeniu człowieka do chwały wiecznej. Te rozmyślania nad tajemnicą miłosierdzia Bożego, ubogacone darem kontemplacji i mistycznym doświadczeniem Boga, zapisała na kartach swego „Dzienniczka”.
Pozostawiła w nim oryginalne zapisy mówiące o stworzeniu jako dziele miłosierdzia Bożego. Boże – pisała – któryś jest szczęściem sam w sobie i nic nie potrzebujesz do tego szczęścia, żadnych stworzeń, gdyż sam w sobie jesteś pełnią miłości, ale [Ty] z niezgłębionego miłosierdzia swego powołujesz do bytu stworzenia i dajesz im udział w swym wiekuistym szczęściu i w swym wiekuistym życiu wewnętrznym Bożym, jakim żyjesz, jeden Bóg w Osobie Troistej (Dz. 1741). Siostra Faustyna wprost pisała, że jedynym motywem powołania stworzeń z nicości do bytu jest miłosierdzie Boga. On do szczęścia swego niczego nie potrzebuje, a jeśli powołuje coś do istnienia, to tylko dlatego, że jest Miłosierdziem, które chce się dzielić darem istnienia, dopuszczając istoty rozumne aż do udziału w swoim życiu. Boże – pisała w innym miejscu – któryś z miłosierdzia swego powołać raczył z nicości do bytu rodzaj ludzki, z hojnością obdarzyłeś go naturą i łaską. Lecz dobroci Twojej jak [by było] nie dosyć. Ty, Panie, w miłosierdziu swoim dajesz nam życie wiekuiste. Przypuszczasz nas do swego szczęścia wiekuistego i dajesz nam udział w swym życiu wewnętrznym, a czynisz to jedynie z miłosierdzia swego. Tak nas darzysz łaską swoją jedynie dlatego, żeś dobry i pełen miłości. Nie byliśmy Ci potrzebni wcale do szczęścia Twego, ale Ty, Panie, chcesz się podzielić własnym szczęściem z nami (Dz. 1743).
Siostra Faustyna poznała, że w centrum stworzenia jest człowiek, dla którego Bóg powołuje do istnienia cały wszechświat. Nawet aniołom swoim dał rozkaz, aby go strzegli na wszystkich jego drogach (Ps 91,11). Dlatego zachwycała się miłością miłosierną Boga wobec człowieka i wołała: O Boże, jak hojnie rozlane jest miłosierdzie Twoje, a to wszystko uczyniłeś dla człowieka. O, jak bardzo musisz kochać tego człowieka, kiedy Twa miłość tak czynna dla niego (Dz. 1749).
W dziele stworzenia człowieka i wszechświata Siostra Faustyna dostrzegała nie tylko doskonałość, potęgę i mądrość Boga, ale nade wszystko miłosierdzie, które było najgłębszym motywem Jego działania. Bóg z nicości wszystko powołał do istnienia, kierując się jedynie miłosierdziem. Wszystko, co wyszło z rąk Stwórcy – pisała w „Dzienniczku” – zamknięte jest w tajemnicy niepojętej, to jest we wnętrznościach Jego miłosierdzia. Gdy to rozważam, duch mój ustaje, w radości serce się rozpływa (Dz. 1553).
W jeszcze większy zachwyt wprowadzało Siostrę Faustynę rozważanie tajemnicy miłosierdzia Bożego w dziele odkupienia. Wielbiła Boga za dar wcielenia Syna Bożego, który przyszedł na ziemię, aby naprawić błąd Adama i podźwignąć upadłą, pogrążoną w grzechach ludzkość. Miłosierdzie Cię pobudziło – wyznała w rozmowie z Jezusem – żeś sam raczył zstąpić do nas i wydźwignąć nas z nędzy naszej. Bóg zstąpi na ziemię, Pan nad pany, zniży się Nieśmiertelny (…). I staje się niepojęty cud miłosierdzia Twego, o Panie: Słowo staje się Ciałem. Bóg zamieszkał z nami, Słowo Boże – Miłosierdzie Wcielone (Dz. 1745). To uniżenie się Boga przez przyjęcie ludzkiej natury jest wyrazem Jego miłosierdzia, zbytkiem miłości, nad którym zdumiewają się niebiosa (Dz. 1745). Od tej chwili bowiem Bóg staje się bardzo bliski człowiekowi, gdyż dzieli jego ziemskie życie we wszystkim oprócz grzechu.
Najpełniej tajemnica miłosierdzia Bożego odsłania się w misterium paschalnym Chrystusa. Boże – rozważała Siostra Faustyna – [Ty] jednym słowem mogłeś zbawić światów tysiące, jedno westchnienie Jezusa uczyniłoby sprawiedliwości Twojej zadość, ale Ty, o Jezu, sam podjąłeś tak straszną mękę za nas jedynie z miłości. Sprawiedliwość Ojca Twego byłaby przebłagana jednym westchnieniem Twoim, a wszystkie wyniszczenia Twoje są jedynie dziełem miłosierdzia Twego (Dz. 1747). Rozważanie misterium paschalnego prowadziło do coraz głębszego wnikania w tajemnicę miłosierdzia Bożego, dlatego Pan Jezus wiele razy zachęcał Siostrę Faustynę do rozmyślania nad Jego męką (Dz. 149, 159, 267). Pragnę – mówił – abyś głębiej poznała Moją miłość, jaką pała Moje Serce ku duszom, a zrozumiesz to, kiedy będziesz rozważać mękę Moją (Dz. 186; por. Dz. 1663). Siostra Faustyna sama przyznała, że przez rozważanie męki Pańskiej wiele światła spływało na jej duszę (Dz. 267), lepiej poznawała Boga, a szczególnie Jego miłosierną miłość pochylającą się nad każdym człowiekiem, zwłaszcza chorym na duszy, gdyż on jest w największej potrzebie.
Rozważając tajemnicę miłosierdzia Bożego w porządku zbawienia, Siostra Faustyna dostrzegała je w ustanowieniu Kościoła, w słowie Bożym, w sakramentach świętych, szczególnie w sakramencie pojednania i Eucharystii. Nie mogę nigdy wyjść ze zdumienia – wyznała – kiedy Pan w tak ścisłą zażyłość wchodzi ze swym stworzeniem. Zawsze zaczynam to rozmyślanie, a nigdy go nie kończę, bo duch mój całkowicie się w Nim pogrąża (Dz. 1523). Poznała, że wszystko, co człowiek ma, poczynając od istnienia a kończąc na najmniejszej łasce, otrzymuje z miłosierdzia Bożego. Wielkość tego miłosierdzia odsłaniała się przed nią w sposób szczególny wówczas, gdy je rozważała w stosunku do grzeszników. O Jezu mój – modliła się – wszelki umysł przechodzi dobroć Twoja, a miłosierdzia Twego nie wyczerpie nikt. Dla tej duszy zatracenie, która chce się zatracić, bo kto pragnie zbawienia, dla tego jest morze niewyczerpane miłosierdzia Pańskiego (Dz. 631).
Konsekwencją dzieła stworzenia i zbawienia jest udział człowieka w chwale Boga. I to również jest darem Jego miłosierdzia. W czasie medytacji – pisała Siostra Faustyna – dał mi Pan poznać radości nieba i świętych (…). Kochają [oni] Boga jako jedyny przedmiot swej miłości, ale i nas kochają czule i serdecznie (…). Na wszystkich spływa ta radość z oblicza Bożego, bo Go widzimy twarzą w twarz. To Oblicze jest tak słodkie, że dusza wpada w nowy zachwyt (Dz. 1592).
Systematyczne wnikanie w tajemnicę miłosierdzia Bożego budziło w jej sercu niedosyt: Im lepiej Cię poznaję, tym Cię mniej pojmuję, ale dlatego, że Cię pojąć nie mogę – więcej pojmuję wielkość Twoją (Dz. 278). Siostra Faustyna doświadczała tej prawdy, że Bóg jest tajemnicą, której nie może przeniknąć ludzki rozum. Ale już to poznanie, które daje człowiekowi rozum oświecony wiarą, jest wystarczające, aby stwierdzić za Siostrą Faustyną: Poznałam Cię, o Boże, jako źródło miłosierdzia, którym ożywia się i karmi wszelka dusza. O, jak wielkie jest miłosierdzie Pańskie, ponad wszystkie przymioty Jego. Miłosierdzie jest największym przymiotem Boga, wszystko, co mnie otacza, o tym mi mówi (Dz. 611).