Godzina śmierci Pana Jezusa, trzecia po południu, jest czasem uprzywilejowanym w nabożeństwie do Miłosierdzia Bożego. W tej godzinie stajemy w duchu pod krzyżem Chrystusa, by dla zasług Jego męki błagać o miłosierdzie dla siebie i świata. O trzeciej godzinie – mówił Pan Jezus do Siostry Faustyny – błagaj Mojego miłosierdzia, szczególnie dla grzeszników, i choć przez krótki moment zagłębiaj się w Mojej męce, szczególnie w Moim opuszczeniu w chwili konania. Jest to godzina wielkiego miłosierdzia dla świata całego (Dz. 1320). Trzeba tutaj od razu wyjaśnić, że nie chodzi o godzinę zegarową (60 minut), ale o moment konania Jezusa na krzyżu, czyli o modlitwę o godzinie trzeciej po południu.
Pan Jezus nie podał gotowej formuły modlitwy o 1500, ale powiedział, że można odprawiać Drogę krzyżową, nawiedzić Najświętszy Sakrament, a jeśli na to czas nie pozwala, to w tym miejscu, gdzie nas zastaje trzecia godzina, choć przez krótki moment połączyć się z Nim, konającym na krzyżu. Przedmiotem tej modlitwy jest tajemnica męki Pańskiej. Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia powinna spełniać określone warunki: należy ją odprawiać o godzinie trzeciej po południu (gdy zegar wybija tę godzinę), winna być skierowana wprost do Jezusa, a w błaganiach należy się odwołać do wartości i zasług Jego bolesnej męki.
Często w praktyce i publikacjach powtarza się opinię, że o trzeciej po południu trzeba odmawiać Koronkę do Miłosierdzia Bożego i że Koronka odmawiana o tej porze ma szczególną moc. Takie myślenie wynika z nieznajomości nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego w formach przekazanych przez Siostrę Faustynę i być może z potrzeby korzystania z gotowej formuły modlitewnej. Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia jest osobną formą kultu Miłosierdzia Bożego, z którą Jezus związał określoną obietnicę i sposoby jej praktykowania. Nigdzie nie powiedział, że w tej Godzinie trzeba odmawiać Koronkę do Miłosierdzia Bożego. Oczywiście, że o trzeciej możemy odmawiać Koronkę, tak jak o każdej innej godzinie dnia i nocy, ale wtedy nie praktykujemy modlitwy w Godzinie Miłosierdzia (tylko odmawiamy Koronkę). Koronka do Miłosierdzia Bożego nie może być bowiem modlitwą w Godzinie Miłosierdzia, gdyż jest skierowana do Boga Ojca (Ojcze Przedwieczny, ofiaruję Ci…), a modlitwa w Godzinie Miłosierdzia ma być skierowana wprost do Jezusa.
Systematyczna praktyka modlitwy w Godzinie Miłosierdzia wprowadza w osobisty, bezpośredni kontakt z Jezusem, bo każe rozważać Jego miłosierdzie objawione w męce, zwracać się do Niego w sposób bezpośredni, jak do kogoś bardzo bliskiego, i dla zasług Jego męki błagać o potrzebne łaski dla siebie i świata. Od nas zależy, czy o trzeciej po południu chcemy praktykować modlitwę w Godzinie Miłosierdzia czy też odmawiać Koronkę do Miłosierdzia Bożego. W przekazywaniu nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego i jego praktyce trzeba to jasno określać i nie mieszać Koronki z Godziną Miłosierdzia.