W łagiewnickim Sanktuarium jest jedna z najstarszych nekropolii Krakowa – cmentarz zakonny założony pod koniec XIX wieku w głębi dawnego ogrodu Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Spoczywają na nim ciała sióstr, kapelanów, wychowanek Zgromadzenia i osób związanych z klasztorem w Łagiewnikach. Na tym cmentarzu przez 28 lat spoczywały także doczesne szczątki św. Siostry Faustyny. Tutaj pochowana jest m.in. jej przełożona generalna m. Michaela Moraczewska, s. Kaliksta Piekarczyk, która swoje życie złożyła w ofierze w intencji ocalenia Krakowa w latach drugiej wojny światowej, m. Ksawera Olszamowska ofiarująca swe życie w intencji ustanowienia w Kościele święta Bożego Miłosierdzia i szerzenia orędzia Miłosierdzia, oraz inne siostry, które złożyły w ofierze swe życie w różnych intencjach. Cmentarz zakonny od strony południowej sąsiaduje z bazyliką w łagiewnickim Sanktuarium i często jest nawiedzany przez pielgrzymów. Natomiast od strony wschodniej, czyli za bazyliką, znajduje się cmentarz wojenny z czasów pierwszej wojny światowej. Nie ma tutaj osobnych mogił, lecz duży krzyż oraz obelisk z tablicą, która mówi, że spoczywa tutaj 266 żołnierzy z 15 krajów europejskich. W latach pierwszej wojny światowej część posesji klasztornej została zajęta na potrzeby dużego szpitala wojskowego na ponad 1000 łóżek. Mieścił się on także w kilku postawionych barakach, w których pielęgnowano żołnierzy różnych narodowości chorych na tyfus, cholerę, czerwonkę, ospę i szkarlatynę, a więc choroby zakaźne. Niektórych żołnierzy nie udało się uratować, zmarli w tym szpitalu, więc chowano ich na cmentarzu za murem klasztoru.