Codziennie o 17.30 w bazylice Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach odmawiany jest różaniec o radość wieczną dla zmarłego ojca świętego Franciszka. W kaplicy Jezusa Miłosiernego i grobu św. Faustyny ta modlitwa zanoszona jest codziennie w czasie modlitwy w nowennie do Miłosierdzia Bożego przed Niedzielą Miłosierdzia. Wielkim dziękczynieniem Kościoła krakowskiego za dar życia i pontyfikatu zmarłego papieża Franciszka będzie uroczysta Msza św. w Niedzielę Miłosierdzia w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach, którą o godz. 10.00 sprawował będzie metropolita krakowski, abp Marek Jędraszewski.
Ojciec Święty Franciszek nawiedził łagiewnickie Sanktuarium w sobotę, 30 lipca 2016 roku. W krótkim słowie pozdrowienia powiedział wówczas: „Pan pragnie, abyśmy dziś głębiej poczuli Jego wielkie miłosierdzie. Nie oddalajmy się nigdy od Jezusa, nawet jeśli przez nasze grzechy czy błędy uważamy się za najgorszych. Bo On woli nas właśnie takimi, bo tak właśnie rozlewa się Jego miłosierdzie. Wykorzystajmy ten dzień, abyśmy wszyscy otrzymali Chrystusowe miłosierdzie. Módlmy się razem do Matki Miłosierdzia: Zdrowaś Mario…. (…) I proszę Was, módlcie się za mnie”.