Sercem Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach jest kaplica klasztorna z łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego i grobem św. Faustyny. Ta niewielka świątynia wybudowana w kompleksie klasztornym Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia i poświęcona w 1891 roku (pw. św. Józefa), służyła niegdyś tylko siostrom i ich wychowankom, była świadkiem modlitwy i nadzwyczajnych łask (m.in. objawień Pana Jezusa i Matki Najświętszej), jakie tutaj otrzymała Apostołka Bożego Miłosierdzia. Wraz z jej śmiercią w tym miejscu zostało zdeponowane orędzie o Bożym miłosierdziu, które z woli Chrystusa przekazała Kościołowi i światu. Dlatego łagiewnickie Sanktuarium stało się stolicą kultu Miłosierdzia Bożego, z której to orędzie rozchodzi się na cały świat i do której pielgrzymują ludzie ze wszystkich kontynentów, upraszając wiele łask, o czym świadczą liczne wota umieszczone w gablotach wokół kaplicy.
W ołtarzu bocznym po lewej stronie kaplicy znajduje się cudowny obraz Jezusa Miłosiernego pędzla Adolfa Hyły poświęcony przez o. Józefa Andrasza SJ (krakowskiego kierownika duchowego Siostry Faustyny) 16 kwietnia 1944 roku, w pierwszą niedzielę po Wielkanocy. Kopie i reprodukcje tego obrazu rozeszły się po całym świecie i na nim spełniły się słowa Jezusa wypowiedziane do Siostry Faustyny przy pierwszym jego objawieniu: Pragnę, aby ten obraz czczono najpierw w kaplicy waszej i na całym świecie (Dz. 47).
Pod mensą ołtarza spoczywa biała marmurowa trumienka z relikwiami św. Siostry Faustyny, a ich cząstka została umieszczona w marmurowym klęczniku przed ołtarzem, aby pielgrzymi mogli w sposób bardzo przystępny oddawać jej cześć i prosić o jej możne wstawiennictwo w modlitwach zanoszonych do Miłosierdzia Bożego.
W ołtarzu głównym jest figura Matki Bożej Miłosierdzia – patronki Zgromadzenia, a w bocznych wnękach tego ołtarza znajdują się figury: św. Stanisława Kostki – patrona młodzieży oraz św. Marii Magdaleny – patronki pokutnic. W bocznym ołtarzu po prawej stronie jest obraz św. Józefa z Dzieciątkiem. On od początku był patronem tej kaplicy i całej posesji, którą ku jego czci nazwano kiedyś „Józefowem”. Na bocznych ścianach znajdują się obrazy: św. Jana Pawła II, św. Ignacego – patrona Zgromadzenia oraz bł. ks. Michała Sopoćki – kierownika duchowego św. Siostry Faustyny.
W 1968 roku kard. Karol Wojtyła wpisał kaplicę pw. św. Józefa na listę Sanktuariów archidiecezji krakowskiej ze względu na grób Służebnicy Bożej Siostry Faustyny nawiedzany licznie przez pielgrzymów, a 1 listopada 1992 roku metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski wydał oficjalny dekret podnoszący tę kaplicę do rangi Sanktuarium Bożego Miłosierdzia.
