Choć rys umiłowania Kościoła występuje w wielu szkołach duchowości, to jednak w każdej ma swój specyficzny koloryt. U św. Siostry Faustyny Kościół postrzegany jest jako dar Bożego miłosierdzia, dar niezwykle bogaty, bo stanowiący przestrzeń wspólnoty życia Stwórcy i Zbawcy z człowiekiem. W jej pismach najczęściej występuje obraz Kościoła jako Matki, którą z natury cechuje miłosierna miłość wobec dzieci, i obraz Mistycznego Ciała Chrystusa, w którym każdy członek żyje w jedności z Głową i pozostałymi członkami.
Nie tylko poprzez ducha wiary, ale także poprzez liczne wizje i doświadczenie mistyczne Siostra Faustyna miała okazję przekonać się o tym, że właśnie Kościół jest wspólnotą życia człowieka z Bogiem, przestrzenią Jego żywej obecności. Kiedy się pogrążyłam w modlitwie, zostałam w duchu przeniesiona do kaplicy i ujrzałam Pana Jezusa wystawionego w monstrancji – zanotowała w „Dzienniczku” – na miejscu monstrancji widziałam chwalebne oblicze Pana i powiedział mi Pan: „Co ty widzisz [w] rzeczywistości, dusze te widzą przez wiarę” (Dz. 1420).
Przejawem miłosierdzia Bożego dla Siostry Faustyny było nie tylko samo ustanowienie Kościoła świętego, żywa obecność Boga w nim, ale także Jego działanie wobec człowieka, zwłaszcza poprzez słowo, które oświeca, i poprzez sakramenty, w których udziela różnorakiej łaski potrzebnej do życia nadprzyrodzonego. W wezwaniach litanijnych i innych tekstach „Dzienniczka” Siostra Faustyna wprost o tym pisze, wymieniając różne przejawy wielkiego miłosierdzia Boga, takie jak chrzest święty, usprawiedliwienie przez Jezusa Chrystusa, obdarowanie życiem nieśmiertelnym, możliwość nawrócenia, sakramenty, w których Jezus udziela swej łaski na każdy moment życia … (Dz. 949, 1286 i inne).
Przejawem miłosierdzia w Kościele jest dla Siostry Faustyny także udzielanie się świętości Boga stworzeniom. Tylko Bóg jest święty, a świętość Jego jest tak wielka, że drżą przed nią wszystkie duchy niebieskie, pogrążając się w nieustannej adoracji, oddają Mu cześć wołając: Święty, Święty, Święty… (Dz. 180). Ta świętość Boga – jak pisze Siostra Faustyna – rozlana jest na Kościół Boży i na każdą w nim żyjącą duszę, jednak nie w równym sobie stopniu. Są dusze na wskroś przebóstwione, a są też dusze zaledwie żyjące (Dz. 180). Sama możliwość przemiany swego życia, doskonalenia go przy pomocy środków nadprzyrodzonych, zaproszenie do wspólnoty życia z Bogiem, możliwość coraz pełniejszego uczestnictwa w życiu Jezusa i Jego misji były postrzegane przez Siostrę Faustynę jako wielkie dary Bożego miłosierdzia, na które człowiek niczym sobie nie zasłużył, a otrzymał je tylko z miłości miłosiernej swojego Stwórcy i Zbawiciela. Dostrzegając tak wielką miłość Boga w Kościele, mogła z całą szczerością serca wyznać swą radość, którą zamknęła w zdaniu: Co za radość być wiernym dzieckiem Kościoła (Dz. 481). Takie spojrzenie na Kościół budziło w niej ducha wdzięczności wobec Boga oraz mobilizowało do troski o wielką świętość.
